Nhà Hōjō tiến tới sự hỗn loạn sau đó bằng cách cố giành thêm nhiều quyền lực trong số rất nhiều các gia tộc lớn. Để làm suy yếu hơn nữa triều đình ở Kyoto, Mạc phủ quyết định cho phép hai nhánh vốn đang đấu tranh với nhau của Hoàng gia —gọi là Nam Triều hay chi thứ và Bắc Triều hay chi trưởng —thay thế nhau trên ngai vàng. Phương pháp này hiệu quả cho vài lần kế vị cho đến khi một thành viên của Nam Triều lên ngai vàng, Nhật hoàng Go-Daigo. Go-Daigo muốn lật đổ Mạc phủ, và ông công khai bất chấp Kamakura bằng cách chọn con trai ông làm người kế vị. Năm 1331, Mạc phủ lưu đày Go-Dagio, nhưng quân đội trung thành với ông, bao gồm Kusunoki Masashige nổi dậy. Họ được Ashikaga Takauji trợ giúp, một nguyên soái quay lưng lại Kamakura khi được gửi đi để dẹp cuộc nổi dậy của Go-Daigo. Cùng lúc đó, Nitta Yoshisada, một thủ lĩnh khác ở phía Đông, nổi dậy chống lại Mạc phủ, Mạc phủ tan rã nhanh chóng và nhà Hōjō bị đánh bại.

Trên đà thắng lợi, Go-Daigo cố gắng phục hồi quyền lực của Hoàng gia và thực hiện theo Nho giáo thế kỷ 10. Thời kỳ cải cách, được gọi là Tân chính Kemmu, với mục đích củng cố vị thế của Thiên hoàng và tái xác nhận vị thế đứng đầu của quý tộc trong triều so với các chiến binh. Tuy vậy, sự thực là quân đội nổi lên chống lại Kamakura với mục đích tiêu diệt nhà Hōjō, chứ không phải ủng hộ Thiên hoàng. Ashikaga Takauji cuối cùng sát cánh cùng Bắc Triều trong một cuộc nội chiến chống lại Nam Triều mà đại diện là Go-Daigo. Cuộc chiến giữa hai triều đình kéo dài từ năm 1336 đến năm 1392. Ban đầu, Go-Daigo bị đánh bật khỏi Kyoto, và địch thủ của Bắc Triều được Ashikaga Takauji đưa lên ngôi, Takauji sau này cũng tự mình lập nên một dòng Shogun mới.